Các tăng ni quay lại khu vực toà tháp, tại đây Raiden xuất hiện và nhắc nhở mọi người về nhiều chuyện về pháp thuật của phù thuỷ Shang Tsung và trách nhiệm của những vị thần. Ông nói năng lực của Shang Tsung gần giống như việc lấy đi các nguồn sức mạnh của tình bạn và sử dụng nó để chia rẽ cả đôi bên, nếu cả hai không có quá nhiều thành kiến thì Shang Tsung sẽ không làm gì nổi cả hai. Liu Kang lúc này hỏi về Shao Kahn, Raiden vội vã tản mác vấn đề sang chuyện khác và rồi bảo hai người nên theo ý của Kitana bắt đầu ngay cuộc truy lùng. Khi các tăng ni lên đường đi ngay thì Raiden vội vã biến mất.

Bạn bắt đầu màn chơi từ trên toà tháp cũ lúc lúc gặp gỡ Kitana lần đầu tiên, nhanh chóng tụt xuống đường xuống các bục nâng đã leo lên từ khi nãy để lưu lại trò chơi trên hành lang lên tháp. Tụt xuống dần dần xuống các bục và phá liên tiếp ba bức tượng trên đường đi bằng tuyệt chiêu " Nội Quyền Công Phá " đã học để có thể nghe thấy được các cơ quan mật đang chạy. Giờ khi xuống được đến được cuối bục nâng để leo lên tòa tháp, bạn sử dụng tuyệt kỹ để phá tan hai bức tượng lớn ở cuối đường để mở ra một cảnh cổng dịch chuyển dẫn đến khu vực kết giới phía sau lưng bức tượng. Hãy vào đó và di chuyển đến khu vực kết giới các cổng trời, nhiệm vụ tại Tu Viện Hắc Ám từ đây sẽ được kết thúc.

- Giới thiệu hệ thống Nội Quyền Công Phá trong quá trình chơi -

Đây là một nâng cấp của đòn đánh bật đối thủ ra xa, vì ngoài tác dụng đấm ngã đối thủ bằng một cú thông thường thì bạn có thể sử dụng nó để phá các bức tượng đá cản đường sau một đòn đấm. Ngay sau khi lấy được đòn này, sẽ có một vài bức tượng để bạn thử chiêu lúc quay lại lối cũ.

- Chú ý về Nội Quyền Công Phá sau khi được sử dụng trên đường đi -

Trong quá trình chơi, Nội Quyền Công Phá cực kì có hữu ích trong việc đi làm nhiệm vụ của Smoke và kiếm kĩ năng Bích Hổ Du Tường ở nhiệm vụ chính. Mặt khác nó còn có tác dụng phá cột ở cuộc chiến với trùm Reptile và các vị trí kiếm Ngọc Đỏ ẩn ở các vị trí bí mật chưa thể vào được.

Khi Kung Lao và Liu Kang chạm chân xuống dược bục nâng tại khu vực kết giới các cổng trời, nhìn chỗ họ đang đứng sang khu vực phía bên cạnh dẫn đến một cánh cổng dịch chuyển khác họ đã thấy ngay có một kẻ đã đứng đó từ lâu. Đó chính là Reptile, khi thấy các bục dẫn vào cổng được đưa lên, Reptile lập tức chạy ngay vào chiếc cổng đó. Kung Lao nói vui rằng nếu đuổi theo gã Reptile này sẽ được gặp bạn gái của Liu kang là Kitana, Liu Kang lập tức phản ứng ngay khi nói rằng Kitana không phải là bạn gái của anh ấy và chỉ là người qua đường cần được sự giúp đỡ mà thôi. Kung Lao và Liu Kang thống nhất việc đánh bại Reptile làm trọng tấm trước mặt rồi lên đường đuổi theo hắn ta ngay, nhìn từ trên bục nâng cao nhất của khu vực cổng trời, ta thấy Johnny Cage đang quan sát và theo dõi nhất cử nhất động của hai người với một âm mưu bí mật.

Giờ nhanh chóng di chuyển nhân vật đi hết sang phía tay phải con đường rồi đi lên dốc, từ đoạn đi tiếp này bạn sẽ bước sang khu vực sảnh có các tu sĩ đứng canh gần chỗ cổng dịch chuyển. Nhanh chóng hạ hết bọn họ rồi chờ các bục đá xuất hiện và dẫn vào cổng, từ kết giới này bạn đã sẵn sàng tiến đến Khu Rừng Sự Sống trong công việc truy tìm dấu vết của Reptile.