Vào những năm cuối cùng của vòng đời hệ máy Play Station 1 và Nintedo 64, hàng loạt các trò chơi chất lượng đến từ các hãng lớn như Capcom, SquareSoft, Konami, Sony v.v... đua nhau thống lĩnh kệ bán hàng của Bắc Mỹ khiến cho doanh số bán của cả máy lẫn game lúc nào cũng ở dạng cung không đủ cầu. Vì thế xu thế trò chơi 3D luôn khiến các nhà phát hành phải tìm cho bằng được những ý tưởng mới mẻ để mà xuất xưởng, rất nhiều các tựa game hành động - phưu lưu - nhập vai RPG - chiến lược - đánh đấm và cả bắn súng đã làm cho giới game thủ mê mẩn. Tuy nhiên như đã nói là vào thời đó cấu hình của các hệ console bao giờ cũng có giới hạn khi phát triển trò chơi, cho nên bất cứ game nào ra mắt cũng phải có sự cải tiến về hình ảnh hoặc chí ít cũng khiến người ta hứng thú khi cầm máy chơi.

Quay trở lại thập niên năm 1992, sự thành công trò chơi đối kháng Mortal Kombat đã trở thành một tiêu chuẩn kéo dài 5 năm cho một thương hiệu 2D. Vì thế để thay máu hãng MIDWAY đã chuyển từ thể loại đối kháng sang một phương diện khác là hành động phưu lưu có tên Mortal Kombat Mythologies: Sub-Zero cùng thời điểm với phiên bản Mortal Kombat 4. Sau khi ra mắt nó trở thành sự tranh cãi và ghẻ lạnh của giới phê bình với nhiều đánh giá chê bai, nhưng với giới mộ điệu và game thủ khi đó đã đón nhận trò chơi theo hướng vô cùng tích cực và đưa trò chơi này vào danh sách những game xứng đáng phải chơi qua. Và thực sự trò chơi Mortal Kombat Mythologies: Sub-Zero đã phá vỡ hai danh hiệu đó là có hai trò thương hiệu cùng tên ra mắt trong năm và doanh thu ấn tượng ngang nhau.

Từ sự thành công của Mortal Kombat Mythologies: Sub-Zero, hãng MIDWAY bắt buộc phải bật đèn xanh cho phần tiếp theo của thể loại này. John Tobias và Ed Boon lúc này nhận được đơn đặt hàng mới trong đầu năm 1998, tuy nhiên thời gian hoàn thành trò chơi thì cả hai chưa dám chắc vì vẫn còn đang bận với dự án mở rộng Mk4 qua phiên bản Mortal Kombat Gold. Theo ý tưởng ban đầu của John Tobias thì ông muốn khai thác thêm tuyến nội dung trước đó của nhân vật Baraka và Liu Kang, nhưng do hãng MIDWAY lúc đó muốn trò chơi phải được làm bằng 3D hoàn toàn thay cho các diễn viên số hóa để giảm kinh phí trả tiền bản quyền cho các diễn viên sau khi game ra mắt. John Tobias lúc đó không đồng ý vì nếu làm vậy đồng nghĩa với việc trò chơi sẽ ngốn thời gian phát triển vì sẽ phải làm mới hoàn toàn thay cho những cái có sẵn như phiên bản Mortal Kombat Mythologies: Sub-Zero. Từ đây bất đồng giữa ông và hãng MIDWAY điễn ra khá căng thẳng.

Việc thay đổi từ nền tảng 2D sang 3D với John Tobias và Ed Boon không hề đơn giản nhất là thể loại đối kháng và hành động phưu lưu là hai phong cách khác nhau hoàn toàn, vào năm đó thì cũng không ít các trò chơi hành động và đối kháng kết hợp đồ họa 3D như Tekken, Soul Blade, Jackie Chan Stuntmaster, Gekido v.v... nhan nhản phong cách này. Nhưng đơn cử một cái đối kháng của họ thì bó hẹp trong một sân đấu còn cái còn lại là môi trường chiến đấu rộng lớn cho phép game thủ mặc sức khám phá các ngóc ngách thì cả hai chưa thử sức bao giờ. Vì thế cả hai đã chọn Mortal Kombat: Special Forces làm phần tiếp theo, nhưng ngặt ở chỗ họ phải bắt buộc làm nó trên phần cứng cũ kĩ của Sega Dreamcast vài Play Station 1. Với yêu cầu khắt khe như vậy John Tobias và Ed Boon phải chọn làm song song cả hai trò chơi trong vòng hơn 1 năm để kịp ra mắt tiến độ năm 1999. Sau này do lúc làm bị biến cố phát triển nên trò bắt buộc phải ra mắt trên hệ máy Play Station 1.

Cuối cùng vào ngày 13/5/1999, phiên bản mẫu thử của Mortal Kombat: Special Forces ra mắt tại " Electronic Entertainment Expo " tức E3 1999. Kết quả sự ra mắt của trò được đánh giá ở mức tạm được và cần hoàn thiện thêm ở nhiều mặt, nhất là cần cải thiện thêm cả ở mặt đồ họa lẫn nhân vật do hình ảnh khá tương đồng với một game khác là Tomb Raider. Chủ tịch MIDWAY lúc này bắt đầu lung lay về chất lượng game khi trò chơi đang ở những bước đầu tiên phát triển, vì thế ông yêu cầu John Tobias và Ed Boon đứng sang một bên để đưa John Walsh đã từng làm việc qua trước đó với Mortal Kombat Mythologies: Sub-Zero ở chức vụ thiết kế và lập trình các màn chơi lên làm và tiếp quản dự án dang dở này. John Tobias cho biết ông khá bất ngờ với việc trên nên đã đấu tranh nhưng không thành, vì vậy để tránh mang tiếng cho thương hiệu mình gây dựng cùng Ed Boon nên ông đã lựa chọn rời công ty MIDWAY trước thời điểm Mortal Kombat Gold ra mắt.

Sau khi John Tobias ra đi, hãng MIDWAY xác nhận việc ông ra đi sẽ không làm dự án này bị hủy bỏ. Thay vào đó họ xác nhận thời điểm ra mắt trò chơi sẽ vào năm 2000, đủ để cho John Walsh có thêm thời gian để hoàn thiện Mortal Kombat: Special Forces bằng bất cứ giá nào kể cả làm thành một phiên bản khác luôn. Ed Boon sau đó cũng có xác nhận là sau khi công sự của ông rời hãng, ông còn không được rõ ê kíp studios nào đã làm ra Mortal Kombat: Special Forces nhưng phần những người làm vẫn có ghi tên ông trong trò chơi này với tư cách đồng sáng tạo. Chưa hết hãng MIDWAY chắc chắn biết rõ trò chơi chất lượng ra sao nên hãng đã tung ra trò chơi với mức giá chiết khấu là 19,99 USD ngay ngày ra mắt, giảm nửa giá so với các game khác để thu hút game thủ nghía qua tựa game giá rẻ này.

Và ngày ra mắt cũng đến vào tháng 6/2000, Mortal Kombat: Special Forces lập tức nhận được bão đánh giá chê bai trên khắp các diễn đàn game thủ khi đó. Không thể tưởng tượng được một trò chơi có chất lượng thấp đến như vậy được ra đời, về sau phiên bản nguyên mẫu chơi thử của trò chơi tại E3 1999 được đưa lên mạng năm 2018 trước khi John Tobias rời công ty thì tất cả mới rõ đằng sau nó là một sự phá hoại có chủ ý. Và như đã nói ở trên bản mẫu được dựa theo ý tưởng ban đầu của John Tobias và Ed Boon khi cho phép người chơi sử dụng hai nhân vật Jax và Sonya, mỗi nhân vật lúc này sẽ có một cốt truyện riêng biệt nhưng gắn kết với nhau tạo ra tuyến nội dung hoàn chỉnh theo góc nhìn của nhân vật đó khi chơi.

Trò chơi lúc này thiên về giải đố và leo trèo qua các địa hình hiểm trở, nhưng chung quy vẫn sẽ có các cuộc chiến bằng đối tay và sử dụng súng ống để triệt hạ đối phương nhất là ở dạng góc nhìn thứ ba qua vai. Chưa hết bản mẫu cũng đã vay mượn thiết kế từ một số game hành động và chiến đấu như Tomb Raider và Fighting Forces để làm ra phần bố cục trò chơi, hệ thống liên lạc dẫn dắt nội dung khi đó cũng được coi là học tập theo cả game Metal Gear Solid. Về nội dung thì bản mẫu này kể về việc Sonya bị hội Hắc Long bắt giữ sau cuộc triệt phá hội nhưng không thành công, Jax lúc này lập tức lên đường giải cứu cô bằng cách xông vào hang ổ của bọn chúng nhằm đối mặt với trùm Kano. Ở đoạn kết cuối cùng của bản mẫu này, khi Kano giữ một lính đặc nhiệm cuối cùng để uy hiếp Sonya và Jax buông bỏ hắn thì cô đã nổ súng " có giết Kano hay không thì không chắc nhưng trong Mk4 lại có xác nhận là Jarek đã thay thế hắn ta với tư cách thành viên cuối cùng của hội Hắc Long ". Bản mẫu chơi thử lúc đó đã kết thúc và khiến người chơi không rõ chuyện gì sẽ xảy ra tiếp theo.

Còn phiên bản chính thức thì sao ? Không rõ vì lý do gì mà đến cả nội dung lẫn cách chơi bị thay đổi ngay 180 độ, có nhiều game thủ lúc đó đã chỉ ra là ở phiên bản mẫu Beta nhóm phát triển trò khi đó đã tút lại phần giao diện và hệ thống khá bắt mắt nhưng sau đó đã quyết định gỡ bỏ nó. Chưa kể logo cũng có sự thay đổi và gần như loại bỏ hoàn toàn phim cắt cảnh trong quá trình chơi cùng nhiều nhân vật quen thuộc như Cyrax, Kabal v.v... kết quả như đã thấy hiện tại trò chơi đã thay đổi phong cách góc nhìn thứ ba thành nhìn từ trên cao xuống và gần như bỏ hẳn chế độ nhảy nhót qua những vật thể ngáng đường. Cuối cùng là khi game thủ được chạm tay vào và chơi là phong cách đi một chiều từ đầu cho đến cuối mà không có quá nhiều quá nhiều lựa chọn kể cả giá trị chơi lại gần như không có.

Với sự cắt bỏ nội dung, Mortal Kombat: Special Forces chỉ cho phép người chơi sử dụng duy nhất nhân vật Jax cùng một câu chuyện mới chứ không phải là sử dụng cả nhân vật Sonya như bản mẫu đầu tiên. Cụ thể sự kiện lần này xảy ra trước cả khi có giải đấu Mortal Kombat đầu tiên, Jax lúc đó nhận được tin Kano và những tay sai của hắn đã vượt ngục khi đang đi trên đường. Sau khi nhận nhiệm vụ bắt lại Kano và đồng bọn, anh lên đường và truy vết bọn chúng cho đến tận Ngoại Giới. Và không quá khó hiểu khi giới hâm mộ Mortal Kombat lại phản ứng trước Mortal Kombat: Special Forces, đó là MIDWAY đã chiêu đãi bọn họ một thứ game rác phẩm mang mác thương hiệu mà họ yêu thích bằng một game chiến đấu và bắn súng tiêu diệt kẻ địch trên đường đi mà không cần phải quá lăn tăn khi chơi hay tìm hiểu. Vì nó gần như là một thương hiệu độc lập còn không liên quan đến dòng thời gian gốc, có chăng chỉ kể về câu chuyện Jax đi bắt Kano ở thời điểm nào đó mà thôi.

Với kết quả doanh thu tệ hại của Mortal Kombat Gold và Mortal Kombat: Special Forces từ năm 1999 đến 2000, MIDWAY bắt đầu có những khoản lỗ gây ảnh hưởng cực lớn đến các studios phát triển trò chơi. Vì vậy dòng phưu lưu của Mortal Kombat lúc này bị đóng băng hoàn toàn và tập chung hết sang mảng đối kháng kéo dài xuốt 5 năm cho đến khi Mortal Kombat: Shaolin Monks ra mắt vào 2005, cho đến tận hiện tại Mortal Kombat: Special Forces gần như vẫn ém nhẹm các thông tin về vấn đề phát triển đầy bất ổn của nó. Tác giả Ed Boon cho biết nếu như ông giỏi viết sách hơn, ông sẽ có viết một cuốn hồi kí của Mortal Kombat: Special Forces từ cái ngày nó được ra đời và tại sao nó lại chết một cách tức tưởi mà không phải từ chính studios đã làm nên danh tiếng cho dòng Mortal Kombat.