Sau khi đánh bại được Shang Tsung, Thần Lửa Liu Kang sau khi tái thiết lại một Tân Kỷ Nguyên cho riêng mình đã trở lại mốc thời điểm đầu tiên để gặp tổ tiên của Kung Lao để giao phó lại trọng trách về giải đấu Cuộc Chiến Sinh Tử. Tại đây anh đã bí mật phong ấn sức mạnh điều khiển Đồng Hồ Cát của mình vào vật tổ của chiến binh này nhằm tránh trường hợp bị sức mạnh của nó làm cho lu mờ ý chí như với Kronika.

Việc tái thiết lịch sử của Liu Kang đã khiến những chiến binh ở mốc thời điểm cũ bị hoán đổi vai trò, một số những kẻ thù cực kì nguy hiểm được đẩy sang số phận khác sao cho dã tâm của chúng bị hạn chế đến mức có thể kiểm xoát được. Vì vậy trong thế giới của Thần Lửa Liu Kang hầu hết không hề tồn tại ma thuật đen, thay vào đó chiến tranh trở nên ít hiện hữu và vương quốc nào cũng sống trong cảnh hòa bình.

Rất lâu về trước tại Ngoại Giới đã xuất hiện một loại dịch bệnh có tên là Tarkan, thời đó dính phải bệnh này sẽ không có thuốc chữa và người bị dính sẽ bị đột biến thành quái vật khát máu. Lúc đó một vị thầy thuốc dỏm có tên là Shang Tsung đã lang bạt khắp nơi để đi lừa đảo người dân, thời điểm này hắn ta đã gặp một thực thể tên là Damashi hứa giúp hắn trở thành vị pháp sư quyền lực nhất các cõi.

Damashi sau đó lại tiếp tục chiêu mộ thêm cho mình những đồng minh mới ngoài Shang Tsung ra, trong số đó có phù thủy Quan Chi và hai gã phù thủy này đã liên thủ lại với nhau tạo ra sự hiện hữu của mốc thời điểm cũ đó là sự trở lại của Đồng Minh Quyết Tử. Hộ thần Geras mặc dù có quan sát từ xa vụ việc này, nhưng ông không thể can thiệp khi chưa thấy sự nguy hiểm từ thực thể bí ẩn mang cái tên Damashi kia.

Mấy năm sau, khi Kung Lao vĩ đại qua đời. Thần Lửa Liu Kang tiếp tục đi chiêu mộ những Đấu Vương đại diện cho Nhân Giới tiếp tục tiến hành giao hữu với Ngoại Giới để giữ gìn giao hảo nhằm tránh những cuộc chiến không đáng có. Tuy nhiên sau giải đấu giao hữu và phe Nhân Giới chiến thắng trở về thì Geras lúc này mới báo lại cho Liu Kang về việc Shang Tsung đã xâm nhập vào hoàng gia của Sindel.

Liu Kang lúc này cảm thấy có gì không ổn nên phái người của mình đi điều tra bí mật tại Ngoại Giới, kết quả biết được một việc không ai nghĩ là Công chúa Mileena bị nhiễm dịch bệnh Tarkan. Shang Tsung lúc này được tiến cử vào hội đồng Hoàng Gia nhằm tìm thuốc chữa cho Mileena ở giai đoạn đầu, chưa hết vai trò này cũng được sự hậu thuẫn của những kẻ chống đối việc cô ta sẽ kế vị ngai vàng Ngoại Giới.

Sau khi tiếp nhận tin từ đội do thám trở về, Liu Kang lập tức đến Ngoại Giới tiến hành giải cứu cho Sindel trước khi những kẻ chống đối lật bài. Và quả nhiên phe của Tướng Shao khi biết việc bị bại lộ lập tức huy động toàn bộ lực lượng đánh chặn Liu Kang, nhưng không may là lực lượng Umgadi đã kịp thời phản công lại cuộc nổi loạn nên tạm thời đất nước bắt đầu cuộc nội chiến giữa hai phe Tướng Shao và Sindel.

Liu Kang tiếp tục cử người Lin Kuei đi lo vụ Shang Tsung khi gã trốn tại pháo đài Âm Dương, mục đích của họ là phá hủy các vũ khí hút linh hồn mà hắn và Quan Chi đã xây dựng rải rác tại Ngoại Giới. Nhưng họ đã lầm về vũ khí, cái mà họ được thấy ở đây chính là đạo quân xác khô không thể bị đánh bại của Vua Rồng đang được Shang Tsung sử dụng linh hồn đã cướp đi nhằm làm sống lại để xâm lược các cõi.

Liu Kang lúc này cho tất cả người của mình đi đối mặt với Shang Tsung trước khi hiểm họa thực sự ập đến, tại đây họ đã được điện kiến thực thể Damashi. Và đó chính là Shang Tsung ở một vũ trụ khác nay đã trở thành kẻ kiến tạo Kỷ Nguyên Mới ở đó. Hắn tiết lộ cho biết toàn bộ mọi việc đều do hắn dựng lên, và giờ với quyền điều khiển đạo quân Vua Rồng. Hắn sẽ hủy diệt toàn bộ cái vũ trụ do Liu Kang xây dựng.

Mặc dù toàn bộ người của Liu Kang cố ngăn chặn phe của Shang Tsung của thời điểm khác nhưng do chênh lệch sức mạnh nên tất cả đành tháo chạy do đánh không thể lại. Nhưng không thể để cuộc xâm lược các thế giới khác diễn ra thành công nên họ dồn hết lực lượng lại lần nữa đánh một trận tổng lực vào đạo quân Vua Rồng và những tay sai ngay tại khu vực cổng dịch chuyển sang thế giới khác.

Cuộc chiến tại cổng dịch chuyển diễn ra rất dữ dội, Raiden bắt buộc phải liên thủ với Shang Tsung và Quan Chi khi chiến đấu chống lại những kẻ đến từ mốc thờ gian khác giống bọn họ. Kết quả nhờ và sự liên thủ chặt chẽ, cả ba tiêu diệt được Shao Kahn đang án ngữ ở đây. Do linh lực của hắn là liên kết mở cổng nên hắn chết cổng cũng đóng theo, nhờ vậy quân ta thừa thắng tiêu diệt nốt những kẻ cuối cùng.

Liu Kang sau khi nhận thấy Shang Tsung ở dòng thời gian kia có thể làm gì nên đã cùng Geras đi lấy lại sức mạnh điều khiển Đồng Hồ Cát. Tại đây họ đã đánh chặn hắn cùng đồng minh ở thời gian khác trong việc kiểm xoát báu vật, nhưng Shang Tsung thề sẽ quay trở lại nên Liu Kang bắt buộc phải đi đến nơi quyết đấu cuối cùng của hắn. Trên đường đi anh thu thập hết các chiến binh ở khắp Đa Vũ Trụ đang tồn tại.

Giờ khi Liu Kang đã tụ tập đông đủ tất cả các đồng minh tốt tại Đa Vũ Trụ, anh ta đối mặt với Shang Tsung và Quan Chi cũng mời gọi những đồng minh xấu xa ở Đa Vũ Trụ tại điểm chốt Ngày Tận Thế trên đỉnh kim tự tháp. Tại đây cả hai phe lao vào nhau đánh một trận đấu lên đến hàng trăm người chen chúc lên đỉnh tòa tháp nơi hai gã phù thủy đợi sẵn.

Cuối cùng Liu Kang cũng đánh bại được Shang Tsung và Quan Chi của dòng thời gian kia, anh sử dụng sức mạnh điều khiển cát của mình và thu hồi chúng. Tuy nhiên dòng thời gian họ đang đứng chợt rung lắc dữ dội cho thấy việc mất Shang Tsung sẽ khiến nơi này bị xóa sổ. Liu Kang nhanh chóng đưa đồng minh của mình rời đi trước khi nơi này biến mất hoàn toàn.

Sau khi Liu Kang trở về mốc thực tại cũ của anh, một biến cố nữa sắp sửa xảy ra khi dòng thời gian của Shang Tsung mà anh tưởng đã biến mất vẫn tiếp tục tồn tại. Lúc này Titan Havik nhìn quanh và tiếc rẻ cuộc chiến vừa rồi kết thúc quá nhanh và chưa được thỏa mãn khi chưa tìm ra Đấu Vương, hắn mong muốn là lần sau cuộc chiến sẽ kéo dài hơn thế này.