Trong cuộc chiến cuối cùng của Ngày Tận Thế, toàn bộ hai phe Ánh Sáng và Bóng Tối đều bị tiêu diệt. Chỉ có duy nhất Shao Kahn là dành được chiến thắng và đạt được sức mạnh từ Blaze, tại đây ông ta đày đọa Raiden vào giờ phút cuối cùng. Nhưng Raiden đã gom sức lực cuối cùng để đưa kí ức lúc này về quá khứ.

Ký ức của Raiden trong tương lai được đưa về quá khứ lúc bắt đầu giải đấu cuối cùng trong việc xâm lược Nhân Giới. Raiden của quá khứ lúc này không thể hiểu được việc cảnh báo của tương lai nên cứ để dòng chảy thời gian diễn ra, lúc này sự kiện dẫn đến cuộc chiến trong tương lai bắt đầu như một điểm mấu chốt.

Sau khi Liu Kang đánh bại Shang Tsung và đạt danh hiệu vô địch, gã phù thủy bại trận lúc này khuyên nhủ hoàng đế Shao Kahn làm một trận tái đấu ngay tại Ngoại Giới như một cái bẫy. Tuy nhiên một lần nữa Liu Kang lại đánh bại Shao Kahn, kéo theo những sự kiện khủng khiếp khác đang diễn ra.

Sau thất bại tại sân nhà, Shao Kahn được Quan Chi kích động vượt rào bằng cách đem quân xâm lược Nhân Giới. Kết quả rất nhiều chiến binh đã chết trong cuộc chiến này, lúc này Raiden phải tự đưa ra quyết định cuối cùng để tiêu diệt Shao Kahn mãi mãi.

Việc Shao Kahn bị tiêu diệt đã khiến cho Ngoại Giới mất đi sự kiểm soát khỏi những tướng lĩnh của ông, lúc này một tướng dưới quyền là Kotal Kahn đã được những người còn lại ủng hộ việc thay thế ngai vàng do Mileena đang cầm đầu.

Lúc này Nhân Giới vẫn chưa phục hồi hoàn toàn sau cuộc xâm lược của Ngoại Giới. Shinnok bất chợt thoát được xiềng xích giam cầm, hắn nhanh chóng đem theo đội quân tại thế giới Nether của mình đánh úp Nhân Giới ngay khi nó còn đang yếu thế.

Với sự chấp thuận từ những người không chịu được sự cai trị của Mileena, Kotal Kahn chính thức lên ngôi hoàng đế kéo theo một cuộc nội chiến giữa hai phe phái ủng hộ kẻ mạnh nhất tại Ngoại Giới. Từ đây cuộc chiến trải dài khắp nơi và không hề thấy điểm dừng.

Sau sự kiện Shao Kahn bị tiêu diệt, Reiko kẻ còn lại cuối cùng của đế chế lúc này bị một tu sĩ người hỗn mang là Havik thao túng. Mục đích của vị tu sĩ là hợp nhất các Kamidogu thành tấm bùa quyền lực của Shinnok, có nó không ai có thể đánh bại hắn.

25 năm sau việc Shinnok bị giam cầm lại vào tấm bùa của chính hắn, lớp con cháu của các chiến binh xưa kia nổi lên như một hiện tượng. Giờ nhằm ngăn chặn sự trở lại của Shinnok, đám hậu bối này liệu có làm nên truyện sau bao việc lộn xộn đã xảy ra.

Shinnok bị bại trận, kèm theo đó là việc Raiden bị tà ác của tấm bùa thao túng. Tuy nhiên Raiden vẫn kiểm soát được năng lực của mình và đánh một đòn chí mạng vào thế giới Nether, lúc này một huyền thoại cổ đã quay trở lại với mục đích báo thù cho Shinnok.

Mẹ của Shinnok là Kronika, người giữ dòng thời gian đã làm một truyện khó ai tưởng tượng đó là bẻ cong thời gian nhằm hợp nhất hai thế lực thiện ác ở quá khứ và tương lai vào cùng một thời điểm. Từ đây Kronika muốn tái lập một Tân Kỉ Nguyên.

Tuy nhiên để viết lại lịch sử và tái lập Tân Kỉ Nguyên thì Kronika phải có trong tay chiếc Vương Miện Linh Hồn để điều khiển chiếc Đồng Hồ Cát Thời Gian. Có nó chiến thắng của bà ta sẽ được đảm bảo và phe đồng minh thiện sẽ không có cơ hội lật kèo.

Phe đồng minh thiện biết lúc này có thể thua nên còn nước còn tát đó là đem quân tiến đánh pháo đài của Kronika, tại đây Raiden tận dụng cơ hội hợp nhất với cái xác của Liu Kang và trở thành Thần Lửa. Thời điểm bị xóa xổ sắp gần kề nên Thần Lửa Liu Kang lập tức khẩn trương đối đầu với Kronika.

Sau một cuộc chiến khốc liệt tại khu vực dòng chảy thời gian, Thần Lửa Liu Kang cuối cùng cũng đánh bại được Kronika bằng cách hóa đá bà ta. Nhận thấy việc hóa đá là chưa đủ nên anh ta lập tức đập nát bà ta ra thành từng mảnh vụn, bằng cách này Kronika không thể hồi sinh lại được.

Khi mọi chuyện kết thúc, Raiden ở dạng người thường xuất hiện. Cùng nhau họ thống nhất việc viết lại lịch sử dòng thời gian quay về lúc đầu, vì theo ý muốn của Raiden đó là Liu Kang sẽ trở thành người dẫn dắt định mệnh mới của vũ trụ này. Tức là anh sẽ trở thành vị thần bảo hộ mới thay thế Raiden sau này.

Trong lúc Liu Kang đang cùng Raiden cố gắng tái thiết dòng thời gian thì một cánh cổng hiện ra và ba người Shang Tsung, Nightwolf và Fujin xuất hiện. Họ bị nhốt trong một không gian khác do không chịu hợp tác với Kronika và chỉ được tự do khi Kronika chết, hơn nữa việc họ xuất hiện là ngăn Liu Kang lúc này không nên tái thiết một Tân Kỉ Nguyên mới.

Theo Shang Tsung giải thích thì trước đó Liu Kang đã lỡ tay tiêu diệt Kronika, đồng thời phá hủy luôn chiếc Vương Miện điều khiển Đồng Hồ Cát Thời Gian. Nếu cố sử dụng sức mạnh để tái thiết lịch sử thì đồng hồ sẽ vỡ nát và thực tại này sẽ hủy diệt. Vì vậy một kế hoạch đi thu hồi chiếc Vương Miện ở mốc thời gian quá khứ trước đó được lập ra.

Sau khi quay về quá khứ trước thời điểm Kronika làm xáo trộn dòng thời gian ở đấu trường Kotal Kahn, vô tình họ bị Kollector nhìn thấy và sau đó thì đến tai Kronika. Bà ta cử Cetrion đi đón đầu kế hoạch của cả nhóm, do không thể đối đầu với Cetrion nên họ bắt buộc phải hồi sinh Sindel khỏi dạng xác sống để có thể hoàn thành kế hoạch lấy Vương Miện.

Tuy nhiên có một việc không ai ngờ đến đó là Sindel trước kia chính là người giết Vua Jerrod, bà ta lên kế hoạch cứu chồng của mình Shao Kahn và cùng liên thủ với Shang Tsung một cách bí mật để quay lưng phản bội toàn bộ phe chính phái. Do không ai đề phòng trước nên phe của hai người này đã chiếm tàu hỗ trợ tấn công vào chỗ ở của Kronika thành công.

Sau khi chiếm quyền kiểm xoát phe tiếp viện, Shao Kahn lập tức tấn công và đập gãy chân của Liu Kang nhằm ngăn chặn việc Raiden hợp nhất với bản thể xác sống nhằm trở thành Thần Lửa theo đúng dòng thời gian sắp diễn ra. Khi Raiden nhận ra mình bị phản bội thì quá muộn, toàn bộ bộ ba Sindel, Shao Kahn và Shang Tsung đã làm chủ cục diện hiện tại.

Shang Tsung lúc này dọn dẹp nốt tàn dư của phe chính phái rồi dẫn toàn bộ đạo quân của mình tiến thẳng vào chỗ của Kronika, trên hết với chiếc Vương Miện trong tay hắn gần như trở nên mạnh hơn trước rất nhiều. Và khi chiến thắng Kronika quá dễ dàng, Shang Tsung lập tức phản bội Shao Kahn và Sindel ngay khi tận hưởng chiến thắng cuối cùng.

Ngay khi Shang Tsung chuẩn bị sử dụng Đồng Hồ Cát để viết lại lịch sử Tân Kỉ Nguyên cho riêng hắn thì Thần Lửa Liu Kang xuất hiện. Do Liu Kang đã nhìn ra trước tương lai sẽ xảy ra khi Shang Tsung có được Vương Miện nên anh sẽ đợi đến phút cuối cùng mới xuất hiện nhằm lấy lại ưu thế sau khi hy sinh hết người của phe chính phái vào ván bài này.

Shang Tsung và Liu Kang quyết đấu để xem
ai thắng sẽ là chủ nhân của Tân Kỉ Nguyên mới !

- Chi tiết sẽ đề cập đến ở phần sau -

Một thời gian sau khi Tân Kỉ Nguyên ra đời, Thần Lửa Liu Kang đã đến Thiền Viện Wu Shi để gặp Kung Lao khi anh còn trẻ và chưa có bất kì thành tựu nào. Tại đây Liu Kang ngỏ lời muốn Kung Lao chấp nhận việc trở thành Đấu Vương và sẵn sàng cho một cuộc chiến sắp tới mà anh ta biết chắc chắn rằng nó sẽ xảy ra trong một tương lai không xa...