Xin người chơi chú ý, các đoạn kết dưới đây hầu hết là của các nhân vật mới được cho thêm vào trong Ultimate Mortal Kombat 3. Vì vậy đoạn kết các nhân vật cũ sẽ không được nhắc lại tại đây nên người chơi có thể tham khảo lại từ hướng dẫn hoàn chỉnh chơi Mortal Kombat 3, cảm ơn và hẹn gặp lại các bạn ở dự án Mortal Kombat Trilogy với nhiều lượng thông tin hơn đã được sắp xếp lại.

Kitana đã cắt đứt quan hệ của mình với ác quỷ Shao Kahn, và bỏ chốn đến một nơi không rõ trên Nhân Giới. Cô ta đã sống sót trước mưu toan ám sát của sinh vật xấu xí tên Reptile, nhờ đồng minh và cũng là người bạn thuở trước của mình Jade.

Cùng với sựu giúp đỡ của các chiến binh Nhân Giới, Kitana đã đối diện với Sindel và biến vị nữ hoàng này chống lại gã hoàng đế. Qua việc Shao Kahn bị đánh bại, thì Nhân Giới đã thay đổi và quay trở lại lúc ban đầu, Kitana có lại được Edenia.

Cô ấy mãi mãi mang nợ những người bạn bè đến từ Nhân Giới đã mang lại cho Edenia những luật lệ tái thiết bên cạnh nữ hoàng Sindel.

Reptile đã nhận được lệnh tìm và giết Kitana. Gã đã thành công trong nhiệm vụ của mình, nhưng khi trở về thì gã thấy mình bị hoàng đế xa lánh. Shao Kahn đã hứa với Reptile là khi hắn hoàn thành nhiệm vụ thì sẽ hồi sinh cho chủng tộc của gã.

Shao Kahn là kẻ không bao giờ biết giữ lời hứa. Tức giận, Reptile quay lưng lại chống đối chủ nhân và đánh bại hắn trong giải đấu chứ không giết. Reptile đã vô tình đánh mất đi cơ hội được biết về sự thật về chủng tộc của mình.

Jade đã quyết định hỗ trợ người bạn thân thiết lâu năm của cô, tức công chúa Kitana. Cô đã ngăn cản một âm mưu ám sát của Reptile khi hắn đang tìm cách chống lại công chúa lẫn những người bạn của cô ta đang tìm cách đẩy lùi những kẻ khác đến từ Ngoại Giới.

Cô ta còn dọn dẹp hết trướng ngại cho Kitana gặp được nữ hoàng Sindel nhằm đưa bà ta vào cuộc chiến chống Shao Kahn. Khi nữ hoàng Sindel rời bỏ khỏi hàng ngũ của kẻ thù, Jade đã thấy mình phải đối mặt với chính hoàng đế trong cuộc chiến sắp tới.

Cô đã đánh bại được hắn ta, rồi đưa Nhân Giới và mảnh đất quê hương Edenia của cô ta quay trở lại lúc ban đầu. Jade đã tìm lại được bản thân mình bên cạnh những người anh hùng vĩ đại của Cuộc Chiến Sinh Tử.

Scorpion vô tình bị đẩy ra khỏi Thế giới Nether đầy đọa mình sau khi Shao Kahn thực hiện việc hợp nhất các thế giới. Tự do lang thang tại Nhân Giới, Scorrpion ra nhập vào hội của hoàng đế nhằm đánh bại lẫn tiêu diệt các chiến binh được lựa chọn.

Tuy nhiên sự trung thành của anh với Shao Kahn đã trở nên khó sử khi thấy trong số các chiến binh được lựa chọn có Sub-Zero. Scorrpion đã thề là sẽ bảo vệ người hậu bối ninja này coi như việc bù đắp vè việc đã giết anh trai của Sub-Zero em.

Shao Kahn lúc này nhận thấy mình đang trở thành tầm ngắm của Scorrpion nên đã đẩy anh ta ra khỏi hội. Anh ta đã tiêu diệt hoàng đế và đưa Nhân Giới trở lại như lúc ban đầu. Scorpion đã được tìm thấy tại một vũng của Nether, trờ một ngày nào đó trở lại lần nữa.

Dành được chiến thắng trong ba giải đấu đã cho phép Mileena lấy lại được ngôi vị nữ hoàng tại Ngoại Giới. Với sự giúp đỡ của Baraka, cô đã có được Sindel và bắt giữ Kitana làm con tin.

Mạng sống của họ giờ dang bị đe dọa bởi Shao Kahn, nếu như hắn lấy được linh hồn của các chiến binh Nhân Giới qua giải đấu thứ tư thì Baraka có thể quay trở lại nhằm lấy lại cho hắn chức danh Đấu Vương tối thượng của Cuộc Chiến Sinh Tử.

Từ khi lẩn trốn từ Cuộc Chiến Sinh Tử đầu tiên, không một ai trong các chiến binh Nhân Giới hay Ngoại Giới đều không rõ về tay ninja này. Ermac lấy chiến thắng của bản thân để khẳng định sự tồn tại của anh ta...

Và mang một lời cảnh báo, anh ta sẽ trở lại Cuộc Chiến Sinh Tử lần thứ tư như một lực lượng hùng hậu mà không ai có thể đánh bại được.

Khi Sub-Zero gặp thất bại trong giải đấu đại hội tại Thiếu Lâm do gã Shang Tsung may mắn còn sống sót báo lại cho giáo phái người Lin Kuei biết truyện, họ đã ngay lập tức phái đi một gã sát thủ tiếp theo để tiếp tục nhiệm vụ còn giang giở. Gã chiến binh mới trẻ tuổi này hầu như nắm bắt rất nhiều những nguyên tố giống người anh tên Sub-Zero lúc trước.

Anh ta mau chóng gia nhập vào cuộc đấu sinh tử đài tại ngoại Giới để tiếp tục thực hiện nhiệm vụ còn giang giở. Anh ấy đã hiểu rõ được sự nham hiểm bởi những cuộc báo thù trong việc chống lại người anh em Scorpion của mình khi không bao giờ tự chấp nhận số phận thật sự. Đây có lẽ là một trong những trận đấu thứ ba sẽ còn tồn tại tương lai ?

Chiến thắng trong các giải đấu đã giúp Smoke tồn tại được trong cơ thể nhân tạo của mình. Sau đó anh dành cả cuộc đời mình để nghiên cứu các kĩ năng chiến đấu của ninja Scorpion, Sub-Zero và Reptile. Nếu không có cảnh giới, thì Smoke đã biến mất...

Anh tháo chạy vào rừng và tiếp tục học các kĩ năng của ninja một cách thuần phục cho đến khi bắt đầu Cuộc Chiến Sinh Tử 4.