Tại trang chủ người chơi có thể chọn phần chơi đơn lúc ban đầu với hai nhân vật Liu Kang và Kung Lao với độ khó Vừa phải " Norman " và Cực khó " Hard ". Trong chế độ chơi này người chơi sẽ chỉ hỗ chợ duy nhất thang sức khỏe một nhân vật đi kèm bộ kĩ năng của nhân vật đó.

  Ở phần chơi kết hợp Ko-op người chơi có thể đảo vị trí hai nhân vật Liu Kang và Kung Lao với nhau với độ khó Vừa phải " Norman " và Cực khó " Hard ", lưu ý trong chế độ này thang sức khỏe của hai người chơi sẽ hợp nhất thành một. Bất kì ai bị đánh chết đầu tiên cũng khiến người còn lại chết theo.

  Sau khi hoàn tất trò chơi lần đầu tiên, người chơi sẽ mở khóa nhân vật Scorpion từ Liu Kang và Sub Zero từ Kung Lao. Nếu chơi cả hai người thì sau khi hoàn tất sẽ mở khóa luôn cả hai nhân vật Scorpion và Sub-Zero. Lưu ý là nếu bạn chơi nhân vật mở khóa này thì nội dung cũng vẫn chỉ kể về Kung Lao và Liu Kang, qua việc thay hình ảnh đại diện là nhân vật mới cùng bộ kĩ năng mới mà thôi. Không hoàn toàn chơi một nội dung mới về nhân vật đã mở khóa.

  Tại chế độ chơi đối kháng Versus Mode, trong lần chơi đầu tiên người chơi chỉ có thể chọn được Liu Kang và Kung Lao hoặc ngược lại với đối phương chọn. Ở chế độ này không có tính năng đấu với máy nên người chơi chỉ có thể chơi với bạn thân từ trận đấu này qua trận đấu khác lặp lại mà thôi.

  Vẫn tại chế độ chơi đối kháng Versus Mode, người chơi có thể mở khóa 6 nhân vật ẩn còn lại từ việc chơi mục Chơi đơn và Kết hợp. Một số sẽ kiếm được ngay sau khi hoàn thành trò chơi lần đầu tiên, số còn lại người chơi sẽ phải tìm những viên ngọc đỏ nằm rải rác khắp các màn chơi để mở khóa nhân vật còn lại.

  Trong Versus Mode, người chơi sẽ được hỗ chợ 6 sân đấu ngay từ đợt chơi đầu tiên. 9 sân đấu còn lại người chơi sẽ phải tìm những viên ngọc đỏ nằm rải rác khắp các màn chơi để mở khóa nó. Hãy ghi nhớ là phải mở khóa 100% trò chơi mới có thể hiển thị hết các sân đấu ẩn.

  Để có thể tùy chỉnh các hiệp đấu và thời gian trong Versus Mode, người chơi yêu cầu chọn mục Options > Gameplay để tùy chỉnh các hiệp đấu và thời gian.

  Sau khi chơi được một thời gian dài, người chơi có thể quên việc mình chơi ở đoạn nào. Hãy yên tâm mục Load Game sẽ cung cấp cho bạn bạn điểm lưu cuối cùng mà bạn chơi đi kèm việc ghi lại số % game mà bạn đã được ngay cả sau khi hoàn tất trò chơi. Người chơi cần lưu ý là điểm lưu cuối cùng nằm ở chỗ đấu trùm Shao Kahn, từ đoạn này bạn có thể quay về các địa điểm cũ trong trò chơi đã đi qua để thu lượm các bí mật và viên ngọc đỏ nhằm hoàn tất 100% game.

Nên nhớ trò chơi không cho phép bạn chơi lại với một bộ kĩ năng đã hoàn tất đi kèm một độ khó mới, người chơi chỉ được chọn một độ khó và lưu một lần ở thời điểm bắt đầu và cho tải lại ở điểm lưu cuối cùng của trò mà thôi. Thành tựu kiếm được ở mức % vẫn sẽ giữ nguyên sau khi bắt đầu lại do phần này lưu riêng biệt.

  Tại mục Options, người chơi sẽ có tùy chỉnh ba mục bao gồm Chỉnh độ sáng " Brightness ", Âm thanh " Audio " và Tùy chọn ở mục Versus Mode " Gameplay ". Tại mục này nếu bạn sử dụng tivi đời cũ có giác AV sẽ thấy có tác dụng ở hai mục Độ sáng và Âm thanh.

  Tại mục Kontent người chơi sẽ thấy 7 mục bao gồm Họa liệu Môi trường " Arenas ", Họa liệu phác thảo " Concept Art ", Phim ảnh trong trò " Movies ", Ảnh các thành viên phát triển " Phoro " và cuối cùng là Danh sách những người làm " Kredits ". Những mục kể trên thì ngoài mục Photo là mở sẵn, những mục còn lại yêu cầu người chơi hoàn tất 100% trò chơi để lấy các thành tựu kiếm được từ ngọc đỏ rải rác trên đường đi.

  Hai mục còn lại là bản chơi thử game Suffering 2 và giả lập Arcade trò chơi Mortal Kombat II " mở khóa nhiệm vụ của Smoke ". Lưu ý một việc là nếu người chơi mua hệ đĩa PAL, hai mục này sẽ bị cắt đi khỏi trò chơi cùng một số nội dung bạo lực đã bị lược bỏ do đĩa đã được kiểm duyệt.

  Riêng mục Movies, người chơi chỉ cần hoàn thành trò chơi một lần sẽ mở khóa được hết phim trong trò chơi. Không tính các phim quảng cáo đi kèm.