HỆ MÁY ARCADE:
Tiếp tục phát huy truyền thống của hai phiên bản đầu tiên, Mk3 tiếp tục đưa người chơi quay trở lại màn hình chủ quen thuộc của phiên bản Arcade " Máy thùng " bắt đầu cuộc chiến ngay khi người chơi bỏ xèng và chơi.

HỆ MÁY PC DOS:
Sau hai phiên bản đầu tiên ra mắt trên PC, Mk3 có một thay đổi nhất định trên hệ máy PC đó là tóm lược tất cả lựa chọn ngay trên màn hình chủ khi bắt đầu. Đây là phiên bản có mục chơi Tranh Đấu mở sẵn ngay khi vào trò.

HỆ MÁY CONSOLE:
Khác với hai hệ Arcade và PC, Mk3 sau khi được đưa lên hệ máy chơi ra đình được coi là phiên bản có nhiều bí mật nhất do tất cả các mục chơi đều bị giấu đi và chỉ cho phép người chơi kích hoạt mã bấm ăn gian mới hiển thị hết trên trang chủ.

CHỌN NHÂN VẬT CHƠI:
Trong Mk3, người chơi chỉ được phép chọn 14 nhân vật trên bảng chọn. Vì thế người chơi sẽ rất thắc mắc việc một nhân vật bí ẩn tên Smoke thỉnh thoảng được mở ra trên bảng, nhưng không thể chọn được. Và đó chính là mấu chốt khiến bạn tò mò hơn khi tìm cách mở khóa nó.

KOMBAT KODE:
Được coi là lần đầu tiên xuất hiện trong MK3, hệ thống bấm mã 6 ô hiển thị được coi là một cách thức tạo lợi thế hay chơi ăn gian công khai được áp dụng khi chơi hai người quyết đấu. Với trên hơn 30 mã, người chơi hãy đọc hướng dẫn để kích hoạt lẫn tìm hiểu xem nó hoạt động thế nào.

ĐẤU CỘT NHIỀU CẤP ĐỘ:
Nhằm tăng tính đa dạng mục đấu cột nhàm chán như hai phiên bản dễ đoán đầu tiên, Mk3 áp dụng mục phân cấp cột từ ít đến nhiều. Không những thế mục này còn bỏ hẳn việc đấu với các nhân vật ẩn thêm " kể cả với nhân vật Smoke ", vì thế người chơi sẽ không bị động so với bản cũ.

.:: CHẠY TỚI

.:: ĐÒN ĐÁNH LIÊN HOÀN & CHỈ SỐ

.:: THỜI GIAN YÊU CẦU KẾT LIỄU NHANH-

.:: ĐÒN KẾT LIỄU MỚI

.:: HÓA THÚ KẾT LIỄU ĐỐI PHƯƠNG

.:: TÌNH BẠN BÈ MỚI

.:: BIẾN ĐỐI THỦ THÀNH TRẺ CON

.:: TƯƠNG TÁC KẾT LIỄU SÂN ĐẤU MỚI

.:: MỤC CHƠI TOURNAMENT & ENDURANCE

  CHẠY TỚI : Một chế độ cải tiến mới được thêm vào trong Mk3 là chế độ chạy, trước đó trò chơi chỉ có 5 nút bấm là 4 đòn đánh và đỡ đòn. Thì nay việc chạy tới cho phép người chơi áp đảo đối phương sau khi bị đánh văng ra xa bằng cách chạy đến, tuy nhiên để tạo tính cân bằng thay vì chạy đến liên tục nên một thang đo lực chạy nhỏ dưới cột sức khỏe sẽ giúp người chơi lúc nào thì nên chạy đến qua việc giữ phím chạy ở nút thứ 6 kèm di chuyển tiến tới. Lưu ý trò chơi cũng có trường hợp lỗi đó là chạy ngược lại khi đối thủ bất ngờ bị hất ra sau, tuy nhiên vấn đề này không ảnh hưởng cho lắm vì hiếm khi gặp trường hợp đó.

  ĐÒN ĐÁNH LIÊN HOÀN & CHỈ SỐ ĐO SÁT THƯƠNG : Trong hai phiên bản đầu tiên, các đòn đánh của trò chơi chỉ được hiển thị theo kiểu đánh từng phát một. Thì nay với Mk3, người chơi chỉ cần theo một dãy phím bấm là có ngay một chiêu đấm đá liên hoàn kéo dài hơn 11 chiêu. Tương tự với việc tùy biến chiêu như các bản trước, người cũng có thể sáng tạo thêm các đòn liên hoàn theo ý thích. Chưa kể sau mỗi đòn đánh khiến đối phương không chạm đất, người chơi sẽ thấy một cột thang đo đòn đánh lẫn sát thương xuất hiện ngay phía tay trái " người chơi 2 thì là tay phải " để người chơi nắm rõ việc các đòn đánh ra sẽ mất bao nhiêu thang sức khỏe của đối thủ để tính toán các đòn tùy biến sáng tạo trong các chiêu kế tiếp khi chơi.

  THỜI GIAN KẾT LIỄU NHANH : So với hai bản đầu tiên về thời gian đối phương đổ gục xuống khi yêu cầu kết liễu, Mk3 được cho là nhanh nhất vì người chơi chỉ có 3 giây duy nhất để thao tác phím bấm chính xác. Đây là điều mà người chơi cần lưu ý ngay sau khi chữ kết thúc anh hoặc cô ta xuất hiện.

  ĐÒN KẾT LIỄU MỚI : Như đã đề cập ở các bản trước, đặc sản của trò Mortal Kombat chính là đòn kết liễu đối phương. Với Mk3, người chơi sẽ sở hữu 30 đòn kết liễu trên 15 nhân vật " mỗi nhân vật sẽ có 2 đòn ". Chưa kể nhân vật cần mở khóa Smoke trên bản chọn cũng có chiêu kết thúc như những nhân vật khác cho nên nếu bạn có hứng thú hãy mở khóa nhân vật đó và trải nhiệm một chiêu kết liễu gây choáng ngợp nhất dàn nhân vật khi đó.

  HÓA THÚ KẾT LIỄU MỚI : Về việc hóa thú, lần cuối người chơi thấy chỉ có Liu Kang thi triển trong Mortal Kombat II. Thì nay trong Mk3, toàn bộ tất cả các nhân vật trên bảng chọn đều có thể hóa thú với nhiều hình dáng khác nhau nhưng dưới dạng linh thú. Qua đây người chơi sẽ nắm rõ 15 nhân vật mà các bạn chọn sẽ mang hình hài và đặc tính nào của những con thú đó, thật đáng thú vị để trải nhiệm.

  TÌNH BẠN MỚI : Chiêu thức tình bạn đã từng xuất hiện trong Mortal Kombat II, tuy nhiên với Mk3 với những nhân vật mới người chơi sẽ có những phút giây vui vẻ nếu như đã chán chiêu kết liễu đối phương một cách tàn khốc.

  BIẾN ĐỐI THỦ THÀNH TRẺ CON : Tương tự như chiêu tình bạn, Mk3 cũng có chiêu hóa trẻ con đến từ thời Mortal Kombat II.

  TƯƠNG TÁC KẾT LIỄU SÂN ĐẤU : Trước đó trong Mortal Kombat II, người chơi sẽ được tương tác 3 sân đấu có thể thực hiện đòn kết liễu. Thì nay cũng với 3 sân đấu mới có thể làm được điều tương tự, chưa hết trò chơi cũng mang đến một số bất lợi ở sân đấu Tàu Điện Ngầm đó là nếu người chơi đấm văng đối thủ từ khu vực dưới lên khu vực các con phố thì việc thực hiện đòn kết liễu tương tác sẽ bị hủy bỏ tại đây do ván sau không quay lại sân đấu cũ nữa.

  MỤC CHƠI TOURNAMENT VÀ ENDURANCE : Được coi là mục chơi ẩn bị lược bỏ đi ở các bản Arcade nhưng luôn hiện hữu ở các hệ máy console hoặc PC Ms-Dos tại bảng chọn lựa mục chơi tại trang chủ. Mục chơi này cho phép bạn chơi với 4 người chơi " độc quyền trên hệ máy SEGA và MS-Dos ", qua việc lựa chọn 8 đấu với 8 người chơi liên tiếp trong một trận đấu. Cụ thể người chơi sẽ được chọn 8 nhân vật giống và khác nhau, sau mỗi lần bị đánh bại thì nhân vật tiếp theo sẽ nhảy vào thay thế và tiếp tục trận đấu cho đến người cuối cùng. Thực ra do mục này vẫn trong thời gian phát triển trò chơi nên nhiều khi nó được gọi là Tournament Mode hay Endurance Mode đều là tùy thuộc vào phiên bản mua khi đó.